有几种疾病看起来像GERD，但实际上是不同的疾病。其中一种疾病是嗜酸性食管炎(EoE)。EoE是一种过敏性疾病，在这种疾病中，食管内壁的细胞发炎，并充满了被称为嗜酸性粒细胞的白细胞。EoE在患有哮喘、湿疹或花粉热等过敏性疾病的患者中更为常见。
EoE的症状包括:吞咽困难、胸痛或烧心、腹痛、恶心和呕吐，(儿童)发育不良。这些症状与胃酸倒流非常相似，如果没有准确的测试，很难区分这两种症状。
通常情况下，EoE患者无法通过使用传统的反流药物来缓解疼痛。这可能会导致医生进行进一步的检测。食道组织活检和嗜酸性粒细胞检测是通过一个范围来诊断EoE的。现在有一个棘手的部分，严重的GERD也可以导致嗜酸细胞增多，但数量往往比那些EoE少得多。
一旦确诊患有EoE，患者一般会服用酸性控制药物，如丙酸氟替卡松(1)。这种类固醇具有抗炎作用，而PPI有助于治愈酸损伤。然后，患者必须确定是什么过敏导致了这个问题，并从他们的饮食中剔除这些食物或触发这些食物。在严重的EoE病例中，患者可能不得不依赖基本的营养。
最近的研究在5号染色体上定位了一个与EoE增加相关的位点(2)。定位这种基因可以帮助研究人员开发更多的靶向疗法来帮助治疗那些患有这种痛苦疾病的人。